Die Ninja ZX-6R ist mit hochfesten, radial montierten Monoblock-Bremssättel ausgestattet, welche dem Fahrer am Bremshebel das Gefühl sicherer Kontrolle vermitteln. Die 310-mm-Petal-Bremsscheiben und der Radialpumpen-Hauptbremszylinder komplettieren das Vorderrad-Bremspaket für kraftvolles Bremsen mit exzellentem Feeling. Das Hinterrad wird durch eine 220-mm-Petal-Bremsscheibe abgebremst. Der aus der Ninja ZX-10R stammende leichtere Hinterrad-Bremssattel bietet gute Anti-Fade-Performance und Kontrolle. Für eine gute Bremseffizienz und ein exzellentes Bremsgefühl ist das Hinterrad-Bremspedal in der Mitte des Pedalhubs koaxial zur Fußraste montiert. Bridgestone's neuester Reifen, BATTLAX HYPERSPORT S22, trägt zu einem verbesserten Handling bei, während er ausgezeichnete Haftung in trockenen wie nassen Bedingungen bietet.