Die Ninja e-1 ist mit zwei herausnehmbaren Lithium-Ionen-Akkus ausgestattet. Mehrere Ladeoptionen bieten zusätzliche Flexibilität und minimieren Unannehmlichkeiten im Alltag. Jeder der beiden Akkus wiegt 11,5 kg. Das Offboard-Laden* erfolgt, indem das Motorrad an ein spezielles Ladegerät angeschlossen wird, das an einer Haushaltssteckdose betrieben wird. Alternativ können die Akkus entnommen und separat aufgeladen werden. Die Ladezeit pro Akku beträgt etwa 3,7 Stunden für eine vollständige Ladung und 1,6 Stunden für eine Teilladung (von 20 % auf 85 %).
*Offboard-Laden bezieht sich auf Ladesysteme, die nicht im Fahrzeug selbst vorhanden sind. Da sich das Ladegerät (das Wechselstrom aufnimmt und in Gleichstrom umwandelt, der zum Laden der Batterien benötigt wird) außerhalb des Motorrads befindet, ist dies ein Beispiel für Offboard-Laden.